Za czasów panowania Stanisława Augusta Poniatowskiego kościół św. Krzyża był stołeczną świątynią równą kolegiacie św. Jana, ze względu na odbywające się tu uroczystości państwowe jak nadawanie Orderu Świętego Stanisława, a także uroczyste posiedzenie Sejmu Czteroletniego w pierwszą rocznicę uchwalenia Konstytucji 3 majaElżbieta Kowalczykowa, Kościół św. Krzyża, Warszawa 1975, s. 7.. Po jego zakończeniu uczestnicy przeszli w pochodzie Nowym Światem i Alejami Ujazdowskimi na teren obecnego Ogrodu Botanicznego, gdzie wmurowano kamień węgielny pod budowę Świątyni Opatrzności Bożej.
We wrześniu 1814 roku w świątyni pochowano przywiezione z Lipska zwłoki Józefa Poniatowskiego, które w 1817 zostały przewiezione do Krakowa i pochowane w katedrze na Wawelu.
Dnia 25 grudnia 1881 roku w czasie mszy w kościele wybuchła panika, w wyniku której stratowano na śmierć ok. 30 osób. Plotka, że sprawcami nieszczęścia byli Żydzi, doprowadziła do pogromu ludności żydowskiej.