Ołtarze i kaplice Wymienione w kolejności od wejścia ku przodowi: Lewa nawa kaplica św. Jana Pawła II z 2014, wykonana według projektu prof. Bogusława Smyrskiego, z rzeźbami Pawła Pietrusińskiego ołtarz św. Michała Archanioła i św. Aniołów (z barokowym obrazem Michała Archanioła w srebrnych sukienkach i figurami Rafała Archanioła i Anioła Stróża) z początku XVIII w. ołtarz św. Józefa (pierwotnie ołtarz św. Karola Boromeusza), z lat 30. XVIII w., z obrazem namalowanym przez Adolfa Hyłę łaskami słynący obraz św. Judy Tadeusza, autorstwa Pii Górskiej z 1938 ołtarz św. Felicissimy – rzymskiej męczennicy, patronki parafii św. Krzyża, z przełomu XVII i XVIII w., z relikwiami świętej przekazanymi przez papieża Innocentego XII, powstały według projektu Tylmana z Gameren, ufundowany przez prymasa Polski Michała Stefana Radziejowskiego, którego nagrobek znajduje się obok tego ołtarza kaplica Matki Bożej Częstochowskiej, dobudowana w 1700 przy południowej ścianie prezbiterium, z kopią obrazu Matki Bożej autorstwa Jana Nepomucena Grotta (obecnie miejsce adoracji Najświętszego Sakramentu)