Środkowa nawa ołtarz główny, tzw. Wielki Ołtarz, pierwotnie ze snycerką Matysa Hankisa z Elbląga, konsekrowany w 1696, z obrazem (obecnie kopia) Ukrzyżowanie Jerzego Eleutera Szymonowicza-Siemiginowskiego, zniszczony w 1944, zrekonstruowany w latach 1960–1972 z użyciem elementów oryginalnych na chórze znajdują się 58-głosowe organy z XIX w., na których grał Stanisław Moniuszko, będący organistą w tym kościele. Organy zostały wyremontowane w latach 2009–2010.
Prawa nawa kaplica Matki Bożej Katyńskiej ołtarz św. Rocha, pierwotnie z I połowy XVII w., całkowicie zniszczony podczas wojny, zrekonstruowany ołtarz św. Wincentego a Paulo (pierwotnie ołtarz Rozesłania Apostołów), z lat 30. XVIII w., całkowicie zniszczony podczas wojny, zrekonstruowany, w ołtarzu oryginalny obraz Szymona Czechowicza Kazanie św. Wincentego z ok. 1730 ołtarz Najświętszego Sakramentu (pierwotnie Najświętszego Sakramentu i Świętej Trójcy) – Ołtarz Ojczyzny, bliźniaczy z ołtarzem św. Felicissmy, powstały według projektu Tylmana z Gameren, zniszczony w powstaniu warszawskim, zrekonstruowany jako ostatni w XXI w. Dokończenie odbudowy kościoła i wierne odtworzenie ołtarza było uczczeniem 25. rocznicy pontyfikatu Jana Pawła II i wyniesienia kościoła do godności bazyliki mniejszej.