Ponieważ złoty medal przyznano Richardierowi, Babiński został w 1885 asystentem Charcota.
W 1890 zdał egzamin konkursowy na stopień ordynatora szpitali paryskich (médecin des hôpitaux de Paris). Z powodu intryg innych asystentów zmarłego w 1893 Charcota (m.in. Charlesa-Josepha Boucharda) nie udało mu się zrobić dalszej kariery w środowisku akademickim.
W 1894 został ordynatorem małego oddziału w szpitalu w Porte d’Aubervilliers. Rok później został ordynatorem szpitala de la Pitié (Hôpital de la Pitié) w Paryżu, na którym to stanowisku pozostał do 1922. 31 grudnia tego roku osiągnął wiek, w którym na mocy wówczas obowiązujących przepisów musiał zaprzestać praktyki. Jednak dzięki pomocy przyjaciela, Henri Vaqueza, miał możliwość praktyki prywatnej przez kilka następnych lat.
W 1887 został członkiem Paryskiego Towarzystwa Biologicznego. Od 1914 członek francuskiej Akademii Medycyny. Współzałożyciel (w 1899) Francuskiego Towarzystwa Neurologicznego, od 1907 jego przewodniczący. W 1924 został członkiem honorowym American Neurological Association i w 1925, Royal Society of Medicine.
W 1925 został profesorem honorowym Uniwersytetu Wileńskiego.