14 stycznia 1562 król Zygmunt August nadał kapitule kościoła św. Jana prawo zarządzania kościołem Nawiedzenia NMP, łącznie z przeznaczaniem dochodów na swoje potrzeby i wyznaczaniem wikariuszy. Taki stan trwał przez prawie 40 lat, kiedy to biskup Jędrzej Opaliński 30 kwietnia 1608 postanowił, że kościół będzie miał swojego stałego proboszcza (praepositusa).
Józef ŁukaszewiczJózef Łukaszewicz Krótki opis historyczny kościołów parochialnych w dawnej diecezyi poznańskiej t. III, Nakładem Księgarni J. K. Żupańskiego, Poznań 1863, ss 113 i 114 taką zamieszcza wzmiankę o kościele (fragmenty, pisownia oryginalna):W roku 1641 wizytował go Jan Branecki, arichidyakon pszczewski, scholastyk warszawski, dnia 12. Marca i dni następnych, i tak go opisuje: „Kościół Panny Maryi w Nowem mieście warszawskiem jest murowany wraz z wieżą swoją, w której się dzwony znajdują. Prawo kollacyi tego kościoła służy Prześwietnej kapitule warszawskiej, od której rządca (rector, proboszcz, pleban) jego teraźniejszy ma wyznaczony sobie pewny dochód coroczni. Zresztą w kościele tym odbywa się wszystko w myśl wizyty Wężyka odbytej dnia 15. Kwietnia 1626 roku”. Podług wizyty Braneckiego kościół zawierał w sobie 11 ołtarzy, prócz wielkiego ołtarza, posiadał piękne organy, a organistą przy nim był ksiądz Mikołaj Beda.