Na wieży prócz dzwonów był zegar, który naprawiał jakiś Kowalewski, zegarmistrz warszawski. Nabożeństwo w nim odprawiało, prócz proboszcza, sześciu mansyonarzy, ustanowionych tu w roku 1523 przez Stanisława de Strzelcze, kanonika wrocławskiego, płockiego i poznańskiego. Kościół był świeżo restaurowany przez ówczesnego proboszcza, księdza Mateusza Jagodowicza, O.P.D, który nadto jeszcze kościół upiększył i dał w nim posadzkę kamienną. Kaplica w tym kościele była w roku 1641 tylko jedna pod tytułem ś. Benona. W niej odprawiało się nabożeństwo w języku niemieckim, dla Niemców katolików osiadłych w Warszawie. W tej samej kaplicy Węgrzy bawiący w Warszawie odprawiali nabożeństwo w swoim językuprzypis J. Łukaszewicza - „Zapewne to nabożeństwo odbywało się dla chorągwi węgierskiej w służbie rzeczypospolitej zostającej”… W dziewięciu domach kościelnych, zapewne drewnianych, mieścili się proboszcz, mansyonarze, organista i inni słudzy kościelni. Prócz tego posiadał kościół obszerne place, na których samowolnie pobudowało się wielu mieszkańców Warszawy, z którymi wspomniany wyżej X. Jagodowicz proboszcz Panny Maryi rozpoczął proces w roku 1640 o odmawiany przez tych mieszkańców czyńsz kościołowi i nieuznawanie nad sobą zwierzchności proboszcza kościoła Panny Maryi. …