Podczas wojny ze Szwedami w 1656 kościół został spalony. Został odbudowany do ok. 1690. W XIX i XX wieku kościół był wielokrotnie przebudowywany i zatracił cechy świątyni średniowiecznej. W XIX w. m.in. przebudowano wieżę środkową, wykonano nowy dach. W 1829 r. rozebrano i zmodernizowano stare organyJulian Bartoszewicz: Kościoły Warszawskie rzymskokatolickie opisane pod względem historycznym, Warszawa 1855 str. 28-43. W latach 1906–1915 budowla została regotycyzowana pod kierunkiem Józefa P. Dziekońskiego i Stefana Szyllera.
Świątynia została zniszczona podczas powstania warszawskiego w sierpniu 1944. Podczas odbudowy w latach 1947–1952 przywrócono jej pierwotny wygląd. Było to możliwe dzięki wielu wcześniejszym panoramom miasta, na których był widoczny. Podczas stanu wojennego działało tu Duszpasterstwo Środowisk Twórczych, a najwybitniejsi literaci i aktorzy przygotowywali programy o charakterze patriotycznym, które ściągały tłumy.
Na terenie kościoła stoi też niewielki pomnik przedstawiający Waleriana Łukasińskiego.
W 1965 roku świątynia (wraz z dzwonnicą, plebanią i organistówką) została wpisana do rejestru zabytków.