nowicyjatu nie było, ale znajdowało się studium teologiczne w klasztorze, a w niem dwóch professorów i czterech uczniów, którzy słuchali teologii spekulacyjnej i dogmatyki, oraz ćwiczyli się w rozwiązywaniu wypadków sumienia i znajomości ceremonij kościelnych.
W styczniu 1807 wojska Napoleona Bonaparte podeszły pod Warszawę a klasztor został zajęty na koszary francuskie. I choć po wojnie na krótko paulini odzyskali klasztor (przeorem był o. Teodor Fortuński), to w lipcu 1819 biskup administrator nakazał by księży swoich w cztery tygodnie najdalej przewiózł do Częstochowy i żeby sprzęty wszystkie zostawił na miejscu, bo za uronienie ich był odpowiedzialny... a w sierpniu kościół oddano bractwu niemieckiemu (bractwu św. Benona). Kolejnymi rektorami byli księża pochodzenia niemieckiego, tak można domniemywać z nazwisk: Lűdicke, Amman, Gueldre, Ballach.