W latach 2008–2012 prof. Rutkowski pełnił w Politechnice Śląskiej funkcję Prorektora ds. Współpracy z Zagranicą, starając się skutecznie rozwijać podstawy funkcjonowania macierzystej Uczelni w warunkach globalizacji i internacjonalizacji szkolnictwa wyższego. Podczas tej kadencji znacząco zwiększyła się liczba uczelni zagranicznych, z którymi Politechnika Śląska podpisała umowę o współpracy. Do współpracujących uczelni z krajów europejskich dołączyły także uczelnie spoza Europy, m.in. z takich krajów jak: Meksyk, Kazachstan, Korea Południowa i Japonia. Prof. J. Rutkowski kierował zespołem opracowującym strategię Politechniki Śląskiej w obszarze propagowania uczenia się przez całe życie (LifeLong Learning – LLL), w ramach europejskiego projektu SIRUS (Shaping Inclusive and Responsive University Strategies) realizowanego przez European University Association. Prof. Jerzy Rutkowski był także inicjatorem i pierwszym przewodniczącym Sieci SUN (Silesian University Network), zrzeszającej wszystkie śląskie publiczne wyższe uczelnie, mającej na celu integrację działań z obszaru współpracy z zagranicą.