Kilka tygodni po otwarciu powołano Komitet Synagogi im. Małżonków Nożyków, w którym zasiadali m.in. fundator, Izaak Ettinger, Dawid Mojżesz Szereszewski, Arie Lejb Dawidsohn, Jecheskiel Krawcow, Josef Jecheskiel Zuckerwaar oraz B. Rikwert. Do bożnicy uczęszczali głównie bogatsi Żydzi, którzy mieli wykupione stałe miejsca. Opłaty wynosiły: 16 do 80 rubli dla mężczyzn i 8 do 30 rubli dla kobiet – stosownie do mniejszego lub większego oddalenia od ściany wschodniej. Komitet opiekujący się budynkiem zapewniał również bezpłatne miejsca dla biednych Żydów, ale tylko podczas modlitwy porannej, w dniach kiedy urządzenie podwójnego nabożeństwa było możliwe.
W 1914 roku, po śmierci Rywki, bożnica wraz z innymi należącymi do niej nieruchomościami zostały nieodpłatnie przekazane Warszawskiej Gminie Starozakonnych. Warunkiem było jedynie utrzymywanie synagogi ze środków przekazanych przez ofiarodawców, zachowanie jej pełnej nazwy oraz odmawianie w święta modlitwy El Male Rachamim za fundatorów.