W 1923 roku synagoga została wyremontowana, a do ściany wschodniej dobudowano półokrągły chór według planów Maurycego Grodzieńskiego. W wyniku tej przebudowy dwa oryginalne witraże z motywem geometrycznej plecionki, umiejscowione w ścianie tylnej, znalazły się w ślepej ścianie, flankując Aron ha-kodeszBiuletyn Gminy Wyznaniowej Żydowskiej w Warszawie, nr 36.. W okresie międzywojennym synagoga słynęła z męskiego chóru prowadzonego przez Abrahama Cwi Dawidowicza. Oprócz uroczystości czysto religijnych odbywały się w niej także okolicznościowe koncerty oraz spotkania z okazji świąt oraz ważnych wydarzeń państwowych.

II wojna światowa W 1939 roku synagoga Nożyków była jedną z pięciu największych synagog w Warszawie. W 1940 roku zamknięta i zdewastowana przez hitlerowców, służyła za stajnie dla koni i magazyn paszy. Po utworzeniu getta warszawskiego znalazła się na terenie tzw. małego getta.