W dniu 27 stycznia 1945 r. Wojskowy Sąd Garnizonowy w Lublinie skazał Alinę Skarzyńską na więzienie i pozbawienie praw publicznych na pięć lat. Przez cały okres odbywania kary, jej matka Amelia pisała prośby (w tym osobiście do Bolesława Bieruta) o złagodzenie wyroku i ułaskawienie – były one zawsze rozpatrywane negatywnieIPN BU 819/8 t.1 i t.2.
W więzieniu na Zamku Lubelskim przebywała do 26 maja 1945 r. Następnie została przeniesiona do więzienia we Wronkach, gdzie pozostawała do 2 stycznia 1946 r., a następnie trafiła do więzienia w Fordonie.
„Fala” razem z koleżankami traktowane były w więzieniu okrutnie ze względu na wyrok szpiegostwa na rzecz Niemiec – zachowanie współwięźniarek, pospolitych kryminalistek, zmieniło się, gdy dowiedziały się że uwięzione są w rzeczywistości członkiniami polskiego ruchu oporu. W ostatnim z więzień „Fala” dużo czytała, lepiła rzeźby z chleba, pisała wiersze i pracowała w pracowni krawieckiej (tam powstał futerał na ryngraf z chleba i laleczka łączniczki).
Również w więzieniu Skarzyńska pozostawała niepokorna. Być może dlatego została obarczona przez naczelnika więzienia odpowiedzialnością za bunt więźniarek zakończony krótkotrwałą poprawą traktowania osadzonych.