W lutym 1588 roku, w trakcie przygotowań do wyprawy, umarł w Lizbonie dotychczasowy dowódca hiszpańskiej floty, markiz Santa Cruz. Na jego następcę król Filip II wyznaczył Alonso Pereza de Guzmana el Bueno, księcia Medina-Sidonia, który był znany jako świetny administrator, ale nigdy nie dowodził na morzu. Zdawał sobie z tego doskonale sprawę i usiłował uchylić się od dowództwa: Flota jest tak ogromna, a przedsięwzięcie takiej wagi, iż wydaje się nieszczęśliwym powierzenie odpowiedzialności za nią osobie nie posiadającej doświadczenia w prowadzeniu wojny morskiej. Król był jednak nieprzejednany. thumb|Wielka Armada na sztychu Jana Luykena z 1679 roku thumb|Hiszpański galeas wchodzący w skład Wielkiej Armady
Uzbrojenie i charakterystyka Flota hiszpańska składała się z 130 okrętów i statków zaopatrzeniowych podzielonych na 7 eskadr: Eskadra portugalska pod dowództwem księcia Medina-Sidonia, licząca 12 statków, w tym 10 galeonów, z okrętem flagowym San Martin (48 dział). Eskadra biskajska – dowódca Juan Martinez de Recalde – 13 statków (w tym 9 dużych karak, zwanych po hiszpańsku „nao”), z okrętem flagowym „Santa Ana” (30 dział). Eskadra kastylijska – dowódca Diego Flores de Valdez – 16 statków (w tym 11 galeonów i 3 „nao”), z okrętem flagowym „San Cristóbal” (36 dział). Eskadra andaluzyjska – dowódca Pedro de Valdez – 11