Mimo to po śmierci Józefa Daniel został mianowany ihumenem, o czym najpewniej zdecydował sam Wasyl III. Daniel cieszył się znaczącym wsparciem ze strony wielkiego księcia, co potwierdzają jego hojne dary na rzecz monasteru. Jako przełożony monasteru św. Józefa Wołokołamskiego Daniel nie cieszył się popularnością wśród mnichów i popadł w konflikt ze wspólnotą z powodu swojej surowości i ścisłego zachowywania wspólnotowej reguły, w tym zakazu posiadania jakichkolwiek przedmiotów osobistych, w tym ikon i ksiąg.
Metropolita moskiewski W 1521 metropolita moskiewski Warłaam został zmuszony do odejścia z katedry i zesłany do monasteru Przemienienia Pańskiego na Wyspie Kamiennej. Na jego miejsce Wasyl III wskazał ihumena Daniela.
Daniel wyraźnie angażował się w bieżące sprawy państwowe, pośrednicząc w sporach między panującym a rodami książęcymi. W 1525 wyraził również zgodę na rozwód Wasyla III z Salomonidą Saburową, uznaną za bezpłodną; wielką księżną następnie pod przymusem postrzyżono na mniszkę w monasterze Narodzenia Matki Bożej w Moskwie. W roku następnym Daniel prowadził ceremonię ślubną Wasyla III i Heleny Glińskiej.