W 1533 metropolita Daniel przyjął od śmiertelnie chorego Wasyla III śluby mnisze wielkiej schimy, nadając mu imię zakonne Warłaam. 4 grudnia tego samego roku poprowadził jego pogrzeb w soborze św. Michała Archanioła na Kremlu moskiewskim, po czym odebrał od bojarów przysięgę na wierność małoletniemu władcy, Iwanowi IV. Według niektórych historyków (Gołubinski, Żmakin, metropolita Makary), Wasyl III życzył sobie, by to Daniel zarządzał państwem do momentu pełnoletniości Iwana IV, ostatecznie jednak regentką została jego matka Helena. Metropolita zachował lojalność wobec władz świeckich.
W okresie sprawowania przez niego urzędu metropolity dwukrotnie odbyły się sobory lokalne rosyjskiego Kościoła prawosławnego, zorganizowane w 1525 i 1531. Dokumenty obydwu nie zachowały się, a ich postanowienia znane są jedynie ze źródeł wtórnych, co niejednokrotnie utrudnia stwierdzenie, które decyzje zostały podjęte w 1525, a które sześć lat później. Na obydwu soborach potępiono działalność Maksyma Greka i jego zwolenników. W 1531 potępiono również Wassiana (Patrikiejewa).