Piętno na historii miasta wywarła również reformacja. Za panowania biskupa Wolfganga von Salm (1541-1555) panowała dość liberalna atmosfera, a w roku 1552 podpisano – pierwszą ugodę między katolickim cesarzem Ferdynandem Habsburgiem a protestanckimi książętami Rzeszy, która utorowała drogę do pokoju augsburskiego. Zupełnie odmienny kurs obrał biskup Urban von Trenbach (1561-1598) – drobiazgowo kontrolował religijność mieszkańców za pomocą zaświadczeń o spowiedzi i komunii wielkanocnej, a protestantów odmawiających przejścia na katolicyzm usuwał z miasta. Po jego śmierci diecezja dostała się pod kontrolę Habsburgów forsujących wszelkimi metodami kontrreformację. W ciągu kolejnych dwóch stuleci sakrę biskupią otrzymali trzej arcyksiążęta oraz wielu arystokratów blisko związanych z dynastią. Arcyksiążę Leopold na tron biskupi wstąpił w wieku dziecięcym, nigdy nie przjął święceń biskupich, a pod koniec życia porzucił ze względów dynastycznych swe kościelne urzędy i zawarł małżeństwo. W sprawowaniu czynności liturgicznych zastępowali go biskupi pomocniczy.