W ciągu swego istnienia Pasawa padała wielokrotnie ofiarą powodzi i ognia. W roku 1662 całe miasto legło w popiołach. Sprowadzeni z Włoch architekci i malarze odbudowali Pasawę nadając miastu jego obecny śródziemnomorsko-barokowy wygląd. W roku 1676 w odbudowanym pałacu biskupim odbył się ślub cesarza Leopolda I Habsburga z jego trzecią żoną Eleonorą-Magdaleną. Kilka lat później ten sam cesarz szukał w mieście schronienia podczas oblężenia Wiednia przez Turków w roku 1683 i mieszkał przez kilka miesięcy w pałacu biskupim. To właśnie tu przygotowywano plany słynnej odsieczy wiedeńskiej. Po odsieczy rozpoczął się kolejny okres prosperity w historii miasta. W 1786 roku z inicjatywy kardynała Auersperga powstała pierwsza gazeta na terenie miasta. Reformy w duchu oświecenia i absolutyzmu dostosowały państwo biskupie do potrzeb zmieniających się czasów. Jednak już w roku 1803 księstwo biskupie przestało istnieć i przeszło w wyniku sekularyzacji pod panowanie bawarskie.
W 1860 roku Pasawa uzyskała połączenie kolejowe ze Straubingiem. Dopiero w 1923, w wyniku referendum, do Pasawy dołączono samodzielną dotychczas gminę Beiderwies, położoną na drugim brzegu Innu.