Nagroda Nobla W 1995, w 50. rocznicę zagłady Hiroszimy, a także w momencie wznowienia prób z bronią atomową przez Francję, został uhonorowany wraz z ruchem Pugwash (po połowie) Pokojową Nagrodą Nobla. Norweski Komitet Noblowski uzasadnił przyznanie nagrody ich działalnością na rzecz atomowego rozbrojenia.
Został pochowany na londyńskim cmentarzu Hampstead.
Odznaczenia W 1987 odznaczony został Krzyżem Komandorskim Orderu Zasługi PRL, natomiast postanowieniem Prezydenta RP z 28 sierpnia 1998 za wybitne zasługi dla nauki polskiej Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia PolskiPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 28 sierpnia 1998 r. o nadaniu orderów. ().
Upamiętnienie thumb|Tablica upamiętniająca Józefa Rotblata w Auditorium Maximum Uniwersytetu Warszawskiego W 2016 roku w holu Auditorium Maximum Uniwersytetu Warszawskiego odsłonięto tablicę upamiętniającą Józefa Rotblata.
W 2018 Rada m.st. Warszawy nadała jego imię skwerowi znajdującemu się przy skrzyżowaniu ulic Nowolipki i Smoczej.
Uchwałą z dnia 30 stycznia 2024 r. Rada Miasta Otwocka nadała imię Józefa Rotblata rondu, znajdującemu się przy trasie S17 niedaleko Narodowego Centrum Badań Jądrowych w Świerku (po przeciwnej stronie S17 położone jest rondo im.