Malolotja Nature Reserve pozostaje najlepiej zachowanym w swojej pierwotnej formie obszarem na terenie Eswatini, choć zagrażają mu plany wydobywania na skalę przemysłową zielonego czertu w lesie mglistym Mgwayiza oraz ponownego uruchomienia kopalni rudy żelaza Ngwenya znajdującej się w południowej części rezerwatu.
Flora thumb|left|Streptocarpus dunnii na terenie rezerwatu (2019) Obszar rezerwatu jest bardzo zróżnicowany pod względem znajdujących się na nim zbiorowisk roślinnych. Występują tu rozległe kwaśne łąki i sawanny (Weld) porastające niższe wzgórza; w wyższych partiach gór rosną wilgotne lasy mgliste o cechach wysokogórskich oraz lasy afrogórskie. Wzdłuż cieków wodnych rozciągają się gęste zarośla krzewiaste (fynbos) charakterystyczne dla państwa florystycznego Capensis. Występują tu także porośnięte roślinnością bagienno-torfowiskową tereny podmokłe oraz okresowo wysychające zbiorniki wodne noszące pochodzącą z języka afrikaans nazwę .