W latach 1991–2000 był kierownikiem Zakładu Teorii Prognoz, a w latach 1993–2002 – kierownikiem Zakładu Zastosowań Matematyki Akademii Rolniczej w Szczecinie. W 1997 otrzymał tytuł profesora nauk ekonomicznych, po czym awansował na stanowisko profesora w Katedrze Metod Ilościowych Wydziału Zarządzania i Ekonomiki Usług Uniwersytetu Szczecińskiego. W latach 2009–2019 pełnił funkcję kierownika Katedry Zastosowań Matematyki w Ekonomii na Wydziale Ekonomicznym Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie. Był ponadto profesorem nadzwyczajnym w Instytucie Zarządzania Transportem na Wydziale Inżynieryjnym i Ekonomicznym Transportu Akademii Morskiej w Szczecinie (2011–2014).
Profesor Jan Zawadzki został pochowany 18 czerwca 2026 na Cmentarzu Centralnym w Szczecinie (kw. 81C/4/10)Jan Zawadzki – lokalizacja grobu na Cmentarzu Centralnym w Szczecinie (dostęp 26.08.2026).