Szybko jednak doznał rozczarowania, w związku z czym zwrócił się w stronę protestantyzmu. Wpływ na to mogły mieć jego dosyć wczesne, uprzednie kontakty właśnie z protestanckimi misjonarzami. Nie bez znaczenia była też debata, której świadkiem był w 1902 w Manili. Głębokie wrażenie wywarła na nim postawa biorącego w niej udział pastora, bardzo umiejętnie posługującego się tekstem biblijnym. W ciągu kilku kolejnych lat jego poszukiwania jedynie się zintensyfikowały. Podjął wysiłki mające na celu usystematyzowanie i pogłębienie własnej wiedzy religijnej. Rozpoczął studia teologiczne. Został metodystą, kształcił się w związanym z tą denominacją Methodist Theological Seminary, w końcu został wyświęcony na metodystycznego pastora. W 1905 przeniósł się do manilskiej szkoły związanej z prezbiterianami, znanej jako Ellinwood Bible Institute. Niektóre źródła wskazują, że decyzja o przenosinach była motywowana wyższym poziomem merytorycznym uczelni prezbiteriańskiej. Kolejny etap w religijnych poszukiwaniach Manalo budzi w źródłach pewne kontrowersje i niejasności. Związał się mianowicie z misją chrześcijańską prowadzoną przez Disciples of Christ. Otrzymał stanowisko ewangelisty w tejże grupie, jednocześnie rozpoczął studia w manilskim College of the Bible.