Poszukiwania religijne Pierwotnie Manalo związał się z grupą łączącą elementy rodzimego dla Filipin animizmu z chrześcijaństwem. Była to wspólnota odwołująca się do działalności Apolinario de la Cruza, w tym do stworzonej przez niego w 1840 konfraterni świętego Józefa. Sam de la Cruz zapisał się w historii jako jeden z wczesnych filipińskich rewolucjonistów walczących o prawa do definiowanej samodzielnie praktyki religijnej poza sprzężonymi z aparatem kolonialnym strukturami Kościoła katolickiego. Manalo poszukiwał zatem nie tylko miejsca, w którym jego duchowość mogłaby być przeżywana zgodnie z miejscową, filipińską kulturą. Szukał również zestawu doktryn odróżniającego się wyraźnie od katolicyzmu. Powołany bowiem w 1902 Niezależny Kościół Filipiński mimo swego nacjonalistycznego kolorytu nie wzbudził jego większego zainteresowania. Manalo odwiedził pustelnie opisywanej grupy na zboczach gór Banahao oraz San Cristobal w południowej części Luzonu.