Podczas najazdu tatarsko-mongolskiego w 1239 roku zostało zniszczone częściowo sklepienie i zniszczone zostały łaźnie. Sobór Przemienienia Pańskiego stała w centrum zabudowań pałacowych książęcego „miasta stołowego” i była jednocześnie miejscem pochówku książąt czernihowskich.
Sobór od XVII do XIX wieku Pierwszą renowację stolicy przeprowadzono z inicjatywy wykształconego w Kaliszu prawosławnego biskupa czernihowskiego Łazara Baranowicza około 1675 roku.
W 1756 roku sobór spłonął. Pod koniec XVIII wieku wyremontowany i przy okazji przeprowadzono także przebudowę - w południowo-zachodnim narożniku, w miejscu dawnej kaplicy chrzcielnej, zbudowano okrągłą wieżę, symetryczną do lewej średniowiecznej wieży ze schodami na chór. Zgodnie z ówczesną modą na obu wieżach zamiast wcześniejszych półkolistych kopuł wzniesiono wysokie iglice będące obecnie charakterystycznym elementem widoku soboru. W 1818 roku przy portalach zachodnim, północnym i południowym wzniesiono przedsionki. W latach 1795–98 zbudowano ikonostas.
W 1818 roku w pobliżu portali zachodniego, północnego i południowego wybudowano przedsionki.