Kolejną wersją rozwojową konstrukcji by Hs 130E (Reihe), który został wyposażony w dodatkowy silnik DB 605T umiejscowiony wewnątrz kadłuba samolotu. Jego zadaniem było napędzanie sprężarki wspomagającej pracę silników skrzydłowych DB 603B. Powstały trzy prototypy tradycyjnie oznaczone jako Hs 130E V1, V2 i V3. V1 został oblatany we wrześniu 1942 r., V2 w listopadzie. Po katastrofie drugiego prototypu w wyniku pożaru silnika rozpoczęto loty na V3. Przed ukończeniem testów Henschel otrzymał zamówienie na siedem samolotów serii przedprodukcyjnej oznaczonych jako Hs 130E-0, pierwszy z nich wystartował w maju 1943 r. Jednocześnie złożono zamówienie na 100 egzemplarzy wersji bombowej oznaczonej Hs 130E-1, ostatecznie zostało anulowane z uwagi na problemy z silnikiem DB 605T. Projektanci opracowali dodatkowo koncept wersji Hs 130F, która miała być wyposażona w cztery silniki BMW 801, ta wersja nie przeszła do etapu projektowego.
Ostatni sprawny egzemplarz Hs 130E został zniszczony pod koniec 1944 r. w wyniku alianckiego nalotu.
Konstrukcja Heschel Hs 130E był dwusilnikowym wysokościowym samolotem rozpoznawczo-bombowym w układzie dolnopłata o konstrukcji metalowej.