22 czerwca 1941 roku nazistowskie Niemcy zaatakowały ZSRR. Fania wraz z ojcem usiłowali uciec na wschód, jednakże wobec szybkich postępów Wehrmachtu okazało się to niemożliwe. Ostatecznie powrócili do zajętego przez Niemców Wilna. We wrześniu 1941 roku została wraz z rodziną uwięziona w nowo utworzonym getcie. Ze względu na fakt, iż ojciec jako elektrotechnik był zaliczany do grona fachowców, rodzina była przez długi czas względnie niezagrożona. Fania wykonywała prace dorywcze, aż do czasu, gdy znalazła stałe zatrudnienie w warsztatach zorganizowanych przez okupanta na terenie getta.

Przyłączyła się do powstałej w styczniu 1942 roku Zjednoczonej Organizacji Partyzanckiej (Farejnikte Partizaner-Organizacje, FPO). Uczestniczyła m.in. w produkcji butelek zapalających oraz w drukowaniu konspiracyjnych gazet i ulotek. Nauczyła się również posługiwać bronią. 23 września 1944 roku, w dniu rozpoczęcia ostatecznej likwidacji getta, wraz z grupą towarzyszy uciekła do Puszczy Rudnickiej, gdzie dołączyła do partyzantki sowieckiej. Początkowo walczyła w szeregach oddziału im. Adama Mickiewicza. Później trafiła do oddziału „Za Pobiedu” („Za zwycięstwo”), którym dowodził Szmul Kapliński i w którym służyli przede wszystkim Żydzi. Została sekretarzem lokalnej komórki Komsomołu.