Od 1759 r. chorował na podagrę, dlatego w następnych latach nie przejawiał większej aktywności politycznej. W sierpniu 1764 r. przystąpił do zawiązanej przez Pawła Mostowskiego konfederacji Prus Królewskich popierającej „Familię” Czartoryskich, lecz mimo tego po elekcji Stanisława Augusta Poniatowskiego stracił ekonomię malborską (22 października 1764 r.).
Ze swoich dóbr położonych w ziemi lęborskiej (obejmujących Witków, Salino, Salinko, Świchowo, Świchówko i Dąbrówkę Małą) utworzył 12 sierpnia 1756 r. majorat, który w 1762 r. przekazał swojemu bratu – Franciszkowi Ludwikowi Rexinowi. Poza dobrami dziedzicznymi posiadał równie dochodowe dzierżawy królewskie: Paparzyn w woj. chełmińskim (od 1730 r.), tenutę berwałdzką na Wielkich Żuławach Malborskich (od 1753 r.) i tczewską (od 1759 r.), Bielsk w starostwie gniewskim (od 1760 r.) oraz Prusewo i Brzyno w pow. puckim (od 1765 r.). mały|Autograf Michała Ernesta Rexina, starosty i ekonoma malborskiego, w inwentarzu ekonomii malborskiej z 1736 r. Michał Ernest od czasów nauki w kolegium jezuickim biegle posługiwał się w mowie i w piśmie językiem polskim, o czym świadczą m.in. pisane przez niego własnoręcznie listy oraz notatki pod inwentarzami ekonomii malborskiejZob.