Liczebność larw pasożyta w organizmie wpływa na intensywność oraz przebieg choroby. W przeciwieństwie do rozsianej wągrzycy (cysticerkozy) mięśniowej, w neurocysticerkozie wągry nie otorbiają się. Cysticerkusy zlokalizowane w przestrzeni podpajęczynówkowej oraz komorze IV nazywają się cysticercus racemosus, a w ich wnętrzu znajdują się pęcherzyki (niezawierające skoleksów), których wzrost może przypominać przerzuty nowotworowe.
W 50% przypadków neurocysticerkoza przebiega bezobjawowo. U pozostałych pacjentów pierwsze objawy często pojawiają się dopiero po kilku latach od zakażenia. Do najbardziej typowych należą: drgawki (zwykle świadczą o zajęciu przez wągry komór mózgu, mogą prowadzić do stanu padaczkowego lub być sporadyczne), wzrost ciśnienia śródczaszkowego (zwykle świadczy o zajęciu przez wągry pnia mózgu, powoduje postępujące bóle głowy, wymioty, zaburzenia widzenia i niedowłady) oraz zaburzenia psychoorganiczne (wysuwające się z czasem na pierwszy plan, wyrażające się niepokojem lub spowolnieniem psychoruchowym, zaburzeniami orientacji, halucynacjami, a w bardziej zaawansowanych stadiach także apatią, amnezją lub demencją). W trakcie choroby występują zarówno okresy zaostrzeń objawów, jak i remisji, co ma najprawdopodobniej związek z obumieraniem pojedynczych wągrów.