Seeger był jednym z założycieli grupy folkowej The Almanac Singers z Woodym Guthriem i The Weavers z Lee Haysem i Ronniem Gilbertem. The Weavers odnosili znaczne sukcesy we wczesnych latach 50. zanim zostali wpisani na czarną listę podczas makkartyzmu. W 1954 Seeger został wezwany przed oblicze Komitetu do spraw ruchów antyamerykańskich, a potem, przez następne 17 lat, był bojkotowany przez publiczne media.
Seeger rozpoczął karierę solową w 1958 roku, znaną z utworów „If I Had a Hammer” (napisanym wspólnie z Lee Haysem), „Turn, Turn, Turn” (inspirowanym Księgą Koheleta) i „We Shall Overcome”. zaczerpniętym z murzyńskich pieśni religijnych, który w latach 60. (z nowym już tekstem) stał się hymnem amerykańskiego ruchu praw obywatelskich.
W latach 60., Seeger napisał klasyczną już książkę Jak grać na pięciostrunowym banjo, która sprawiła, że wiele osób zaczęło grać na tym instrumencie. Artysta wynalazł również tak zwane Seeger Banjo, które jest dłuższe od normalnego o trzy progi i nieco dłuższe od gitary basowej, ma też nieco niższy dźwięk.