Początkowo Seeger był gorącym poplecznikiem Boba Dylana, lecz w 1965 roku, podczas Newport Folk Festival, gdy Dylan zaczął wprowadzać do muzyki folk dźwięki instrumentów elektrycznych, wpadł w furię i podobno wkroczył na scenę z siekierą, by porozcinać kable; sam Seeger wyjaśniał natomiast, że gdy odmówiono mu ściszenia aparatury, powiedział „Niech to wszyscy diabli, gdybym miał topór, poprzecinałbym te kable”.
Seeger był członkiem Clearwater Group, organizacji założonej w 1966 roku, mającej na celu zwrócenie uwagi na zanieczyszczenie rzeki Hudson i podjęcie działań zmierzających do jego ograniczenia. W ramach tych działań, w 1969 po rzece zaczął pływać slup Clearwater, który raz służy jako sala lekcyjna, scena lub laboratorium, a jego załoga jest złożona z wolontariuszy. Seeger był znany ze swoich komunistycznych przekonań. Początkowo wysławiał nawet stalinowski Związek Radziecki, jednak po ujawnieniu zbrodni tego systemu, zaczął się od niego odżegnywać.
Na swoim banjo umieścił hasło „This machine surrounds hate and forces it to surrender” (ang. „Ta maszyna okrąża nienawiść i zmusza ją do kapitulacji”), które miało być nawiązaniem do hasła „This machine kills fascists” (ang. „Ta maszyna zabija faszystów”), jakie w latach 40.