lata są chłodne i deszczowe, od października do maja występują przymrozki, a przez 7–8 miesięcy w roku na terenie lasów może występować pokrywa śnieżna. Roczna suma opadów wynosi ok. 1500 mm.
Geologia Podłoże Parku Narodowego Gór Pindos tworzą skały fliszowe z przewagą serpentynów oraz dużą ilością wapieni, dolomitów i gabro. Gleby powstały w wyniku wietrzenia serpentynu i perydotytu, są gliniaste, bogate w magnez i żelazo oraz mają kwaśny odczyn.
Flora thumb|left|Lilia chalcedońska (Lilium chalcedonicum) na terenie parku (2001) Dominującym typem roślinności na terenie parku są lasy porośnięte sosną czarną (Pinus nigra), występujące na wysokości 1300–1700 m n.p.m. Północne stoki gór do wysokości 1800 m n.p.m. porastają również buki zwyczajne (Fagus sylvatica), natomiast na wysokości od 1500 m n.p.m. występują pojedyncze sosny bośniackie (Pinus heldreichii), dla których Pindos jest najbardziej na południe wysuniętym obszarem występowania. W rozproszeniu rosną tu również drzewa innych gatunków, takich jak jodła (w tym jodła bułgarska Abies × borisii-regis), dąb i klon czy bardzi rzadkie w Grecji sosny zwyczajne (Pinus sylvestris).