Wzdłuż cieków wodnych dominują olchy, platany i wierzby, w miejscach bardziej suchych oraz w dolinach, w runie występuje bukszpan zwyczajny (Buxus sempervirens).
Północne stoki szczytów Flenga (gr. Φλέγκα), Aftia (gr. Αυτιά) i Kapetan Klidi (gr. Καπετάν Κλείδη) ze względu na swoją stromość i utrudniony dostęp zwierzyny charakteryzują się największą różnorodnością flory. W jej skład wchodzi wiele gatunków endemicznych dla Grecji. Należą do nich m.in. subsp. rechingeri, , subsp. thessala, lepnica i , rogownica , chaber , goździk kropkowany (Dianthus deltoides subsp. degenii) czy szachownica .
Oprócz wspomnianej jodły bułgarskiej na terenie Parku Narodowego Gór Pindos występują również inne gatunki roślin, które można zaliczyć do endemitów Półwyspu Bałkańskiego. Są nimi m.in. kasztanowiec pospolity (Aesculus hippocastanum), którego osobniki wymagają ochrony czynnej, dzwonek , smagliczka , (Soldanella pindicola), macierzanka oraz i Viola dukadjinica, których stanowiska w górach Pindos są najbardziej wysuniętymi na południe.
Występują tutaj również kuklik szkarłatny (Geum coccineum), pokrzyk wilcza jagoda (Atropa belladonna), oraz (Jovibarba heuffelii), a także rumianica , goździki subsp. ventricosus i Dianthus haematocalyx subsp.