left|240px|thumb|Wnętrze Wnętrze kościoła podzielone jest na trzy nawy. Środkowa nawa jest ponad dwa razy szersza od naw bocznych (stosunek szerokości nawy bocznej do nawy głównej wynosi 1:2,3). Nawy boczne wydzielają rzędy 12 kolumn, wykonanych z marmuru prokonezyjskiego, nad nimi znajdują się empory, również ograniczone kolumnadami. W części wschodniej kościoła, na przedłużeniu głównej nawy, znajduje się prezbiterium z syntronem i tronem biskupa, nakryte dużą, półkolistą konchą. Na zakończeniu północnej nawy (od strony wschodniej) umieszczona jest kaplica Hagia Eirene.
Po stronie zachodniej do korpusu nawowego przylega narteks mający kształt wąskiej prostokątnej przestrzeni. Narteks połączony jest z wnętrzem kościoła trzema wejściami - środkowe, główne, jest w formie potrójnego łuku rozdzielonego dwiema kolumnami z zielonego marmuru. Wejścia boczne, symetryczne, prowadzące do naw bocznych, są otworami zamkniętymi łukowo (wejście po stronie północnej jest zamurowane).