W elewacji wschodniej kościoła dominuje apsyda prezbiterium o układzie schodkowym. W niej umieszczone jest duże, potrójne okno z filarami. Wcześniej w tym miejscu znajdowało się pięciodzielne okno, do dzisiaj zachowały się fragmenty konsol, które podpierały słupki pierwotnego okna. Do południowej elewacji kościoła przylega aneks, który prawdopodobnie pełnił funkcję baptysterium bazyliki.
Na północnym dziedzińcu bazyliki znajdują się ślady dwupiętrowej, sklepionej oficyny, a w północno-zachodnim narożniku zachowały się schody prowadzące na empory ze śladami rozległych napraw z VII wieku, które prawdopodobnie wykonano po trzęsieniu ziemi w latach 620–630.
Mozaiki i posadzki right|240px|thumb|Posadzka z czasów rzymskich 240px|thumb|Mozaika na podłuczu arkady W kościele zachowały się oryginalne marmurowe posadzki w nawie głównej (z marmuru prokonezyjskiego), południowej nawie bocznej oraz kaplicy Hagia Eirene. W nawie północnej odsłonięte są trzy warstwy posadzek: pierwsza i ostatnia są z mozaikami, a środkowa, należąca do wcześniejszego, rzymskiego kompleksu łaźni, wykonana jest z marmurowych płyt.