Mozaiki w kościele przedstawiają motywy charakterystyczne dla okresu wczesnochrześcijańskiego. Zachowały się one w podłuczach arkad na parterze i na południowej emporze, na sklepieniach w narteksie, na arkadach i na oknie w zachodniej ścianie. Na mozaikach są przedstawienia krzyża i Pisma Świętego oraz motywy eucharystyczne. Symboliczne odniesienia do raju stanowią wazy z wodą, ptakami, owocami i rybami. Na zachodniej ścianie baptysterium znajdują się ślady mozaiki z motywem ornamentalnym.
Malarstwo ścienne Nad południową kolumnadą zachowała się polichromia z okresu bizantyjskiego kościoła przedstawiająca czterdziestu męczenników z Sebasty, którzy ponieśli śmierć za panowania cesarza Licyniusza. Zachowanych jest 18 namalowanych postaci w przedstawieniu całopostaciowym (nad kolumnami) na przemian z popiersiami (nad szczytami arkad). Każdy męczennik jest w ubiorze żołnierza, a w ręce trzyma krzyż - symbol męczeńskiej śmierci. Rząd męczenników otwiera i zamyka świecznik z zapaloną świecą – symboliczny element występujący w scenach o charakterze pogrzebowym. Ślady malowideł ściennych zachowały się również w kaplicy Hagia Eirine.