W październiku 1990 roku wybuchła wojna domowa zapoczątkowana atakiem z terenu Ugandy partyzantów Tutsi należących do Rwandyjskiego Frontu Patriotycznego (FRP). Rządowi Rwandy pomagały belgijskie, francuskie i zairskie oddziały. Wobec zagrożenia ze strony wojsk rebelianckich w 1991 roku Habyarimana znowelizował konstytucję, wprowadził system wielopartyjny i zagwarantował wolność prasy. W 1993 MRND i FRP zawarły porozumienie pokojowe pod egidą ONZ. Porozumienie przewidywało utworzenie rządu tymczasowego z udziałem obu stron oraz powrót Tutsi z Ugandy. W kwietniu 1994 w katastrofie lotniczej zginął Habyarimana. Gwardia prezydencka (składająca się głównie z Hutu) obwiniła Tutsi o spowodowanie wypadku. Śmierć prezydenta stała się pretekstem do przeprowadzenia masakry ludności Tutsi. Mordy na Tutsi przeprowadzała armia oraz bojówki Hutu (Interahamwe). W wyniku wojny zginęło ok. 500–800 tys. Rwandyjczyków, a ponad 2 mln uciekło do sąsiednich państw (gł. do Zairu).