W wyniku kilkumiesięcznych walk FRP opanowała całą Rwandę. W lipcu 1994 roku prezydentem został Pasteur Bizimungu. W tym samym czasie powstał tymczasowy rząd koalicyjny z udziałem przedstawicieli Hutu i Tutsi. W celu ochrony zagrożonej ludności cywilnej od czerwca do sierpnia 1994 roku w Rwandzie stacjonowały francuskie wojska. W sierpniu 1994 roku do Rwandy przybyły siły interwencyjne ONZ. Pomimo formalnego zakończenia wojny setki tysięcy Hutu uciekło do sąsiedniego Zairu. W 1994 roku Rada Bezpieczeństwa ONZ powołała Międzynarodowy Trybunał Karny w Arushy, który miał osądzić popełnione zbrodnie. W latach 1996–1999 Rwanda zaangażowała się w konflikt w Demokratycznej Republice Konga. Rząd tłumaczył swoje działania koniecznością obrony granic przed rebeliantami Hutu. Podczas działań w Demokratycznej Republice Konga armia rwandyjska czerpała dochody z wydobycia bogactw naturalnych na okupowanych przez siebie terenach. W marcu 2000 roku prezydentem Rwandy został Paul Kagame (Tutsi). W 2003 roku Kagame po raz drugi wygrał wybory.