Był od tego czasu poszukiwany. Nawiązał kontakt z członkami komunistycznego ruchu oporu, w czym pomogła mu podziemna grupa „Flóra”. W kwietniu 1943 został członkiem oddziału partyzanckiego tworzonego przez zbiegłych żołnierzy sowieckich. Zamieszkiwał w lasach niedaleko Matiaški koło Hanušoviec nad Topľou, utrzymywany przez członków „Flory”. Po 9 kwietnia 1944 pełnił funkcję szefa sztabu oddziału (dowódcą był I. K. Baľuta). Aktywizował działania grupy, do tego stopnia, że latem 1944 była ona już najliczniejszym i najsilniejszym oddziałem partyzanckim na wschodniej Słowacji. Przyjęła nazwę „Čapajev”. Dokonywała akcji zbrojnych na magazyny wroga, atakowała mniej liczne oddziały regularne, napadała na żandarmów oraz terroryzowała ludność cywilną, co nie wpisywało się w przygotowania do Słowackiego Powstania Narodowego, gdzie armia miała współpracować z partyzantką. W początku sierpnia 1944 doszło jednak do podpisania porozumienia o zakończeniu działań zbrojnych pomiędzy „Čapajevem” a reprezentującym armię. Od tego czasu partyzanci atakowali głównie Niemców. Kukorelli doprowadził m.in. do wyrwania się z okrążenia w trójkącie Stropkov – Humenné – Medzilaborce w sierpniu 1944.