Chociaż Francuzi byli osłabieni w tym momencie, to jednak Prusacy nie wykorzystali okazji aby przejąć inicjatywę, co później przełożyło się na ich klęskę. Mała ruchliwość wojsk pruskich wystawiła ich na ogień francuskiej artylerii oraz lekkiej piechoty. Jak napisał później jeden z pruskich generałów: „Przestrzeń w okolicy wejścia do Jeny była sceną najstraszniejszego upływu krwi i rzezi”.
thumb|upright=1.5|Sytuacja o 14:00 14 października thumb|left|Marszałek Joachim Murat, prowadzący natarcie podczas bitwy W tym czasie około godziny 13:00 Napoleon zdecydował się na decydujący atak. Rozkazał swoim wojskom przełamać się przez pruskie skrzydła i otoczyć i zniszczyć ich centrum. Ten atak okazał się skuteczny i pruskie dywizje na skrzydłach zaczęły uciekać z pola bitwy. Widząc to pruscy dowódcy zdecydowali się na całkowity odwrót. Bitwa była skończona. W sumie Prusacy stracili w niej 10 tys. zabitych lub rannych, 15 tys. wziętych do niewoli oraz 20 dział.
Bitwa pod Auerstedt Pierwsze starcie tej bitwy miało miejsce o 7:00, gdy dywizja Gudina i huzarzy starli się z pruską kawalerią i artylerią na zewnątrz wioski Poppel. Następnie walka zaczęła się, gdy tylko podniosła się mgła i wojska marszałka Davouta otrzymały rozkaz zajęcia pozycji w Hassenhausen.