Kontyngent saski był lepiej wyszkolony i wyposażony od armii pruskiej, jednak liczebnie, organizacyjnie i taktycznie również nie mógł się mierzyć z francuską Wielką Armią. Siły prusko-saskie dzieliły się na: 60,5 tysiąca żołnierzy pod dowództwem księcia Brunszwiku (główne siły prusko-saskie spod Auerstedt), 38 tysięcy żołnierzy pod dowództwem Fryderyka Hohenlohe (siły prusko-saskie spod Jeny), 15 tysięcy żołnierzy pod dowództwem Ernsta von Rüchela (siły prusko-saskie maszerujące na Jenę – dotarły na miejsce gdy bitwa była już przegrana).
Wielka Armia Armia Napoleona kochała swoich dowódców, była bardzo doświadczona i bardzo dobrze dowodzona przez wyważoną mieszankę marszałków o różnym wieku i doświadczeniu (generalnie byli znacznie młodsi od swoich pruskich i saskich odpowiedników). Siły Napoleona pod Jeną liczyły 95 tysięcy żołnierzy pod dowództwem: Nicolas Jean de Dieu Soult – IV Korpus Wielkiej Armii, Jean Lannes – V Korpus Wielkiej Armii, Michel Ney – VI Korpus Wielkiej Armii, Pierre Augereau VII Korpus Wielkiej Armii, Joachim Murat – kawaleria.