Comte zajmował się zagadnieniem ewolucji wiedzy i twierdził (tzw. "prawo trzech stadiów"), że faza naukowa („pozytywna”) stanowi najwyższe stadium tej ewolucji przebiegającej według schematu: faza teologiczna – gdy w wyjaśnieniach zjawisk ludzie odwoływali się do sił nadprzyrodzonych, istot boskich lub bóstwa; faza metafizyczna – gdy ludzie wyjaśniają zjawiska poprzez abstrakcyjne pojęcia i rozumową spekulację (najczęściej oderwaną od rzeczywistości); faza pozytywna – gdy ludzie formułują twierdzenia oparte na faktach i zależnościach współistnienia lub następstwa między faktami. W tej fazie ludzie mogą ustalać i przewidywać nieznane dotąd fakty. Faza ta jest tożsama z fazą naukową.
thumb|Teoria nauk abstrakcyjnych Comte'a.
System nauki Comte stworzył jedną z pierwszych teorii nauki. Rozróżnił nauki abstrakcyjne (zajmujące się prawami łączącymi fakty przyrody) oraz nauki konkretne (opisujące fakty, np. mineralogia). Za nauki abstrakcyjne uważał matematykę, astronomię, fizykę, chemię, biologię i socjologię. Comte ukuł (1838) nazwę socjologia dla odróżnienia od używanego przez jego rywali intelektualnych terminu „fizyka społeczna”.