W lipcu 1992 po przekształceniu sił obrony terytorialnej w armię, Halilović został szefem Sztabu Generalnego Sił Zbrojnych BiH. 18 sierpnia 1992 został mianowany szefem Naczelnego Sztabu Dowództwa. Stanowisko to zajmował do 8 czerwca 1993, gdy szefem sztabu został Rasim Delić. Do 1 listopada 1993 Halilović pełnił funkcję zastępcy dowódcy Naczelnego Sztabu. Podczas spotkania w Zenicy, Delić mianował go liderem zespołu inspekcyjnego oraz dowódcą operacji Neretwa 93. Podczas tego spotkania wezwał oficerów do priorytetowego traktowania dyscyplinowania żołnierzy armii bośniackiej. Miał wówczas powiedzieć: „Kiedy zaczniemy strzelać do ludzi za nieprzestrzeganie rozkazów?” Był zwolennikiem idei natychmiastowego ataku oddziałów JNA na całe terytorium Bośni i Hercegowiny. Opracował plan blokady wszystkich koszar JNA w BiH.