Podczas wojny miał miejsce nieudany zamach na życie Halilovića, prawdopodobnie zlecony przez kierownictwo polityczne Bośni, z którym popadł w konflikt. 7 lipca 1993 o godz. 14:10 w jego mieszkaniu zdetonowano zdalnie ładunek wybuchowy. W eksplozji zginęła żona Halilovića Mediha oraz jej brat Edin Rondić, którego prawdopodobnie pomylono z Halilovićem, gdy pojawił się na balkonie w wojskowym mundurze. Sam Sefer Halilović oraz jego syn i córka przeżyli zamach. Zamachowiec był członkiem tajnej grupy likwidacyjnej Służby Bezpieczeństwa Państwa (Ševe), której dowódcą był Nedžad Ugljen.
Proces i uniewinnienie 30 lipca 2001 został postawiony w stan oskarżenia przez Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii. Dobrowolnie poddał się 25 września 2001 i dwa dni później nie przyznał się do winy. Halilović był tymczasowo zwolniony od 13 grudnia 2001, do początku procesu i od 5 września 2005 do 14 listopada 2005. Masakra, za którą został oskarżony, miała miejsce w miejscowościach Grabovica i Uzdol we wrześniu 1993. Prokuratorzy ICTY twierdzili, że był on przywódcą operacji Neretwa 93, prowadzonej przez armię bośniacką na tym obszarze i nie zapobiegł zbrodniom dokonanym przez jego podwładnych oraz nie ukarał sprawców. 16 listopada 2005 Halilović został uniewinniony ze wszystkich zarzutów i zwolniony.