6 stycznia 1903 roku po raz ostatni służył jako ministrant w swojej parafii a niedługo potem wyruszył do Morcone. thumb|Cela świętego (widziana przez szybę)
Kapłaństwo thumb|Ojciec Pio z doktorem Guglielmo Sanguinettim thumb|Ojciec Pio podczas mszy thumb|Ojciec Pio z ojcem Clemente Tomayem 22 stycznia 1903 roku rozpoczął nowicjat, poprzedzony tygodniowymi rekolekcjami. Podczas obłóczyn przyjął imię Pio. Ze względu na słabe zdrowie, jego przełożeni a także współbracia zakonni mieli wątpliwości czy podoła obowiązkom wynikającym z przestrzegania reguły zakonnej. Rok później, 22 stycznia 1904 roku złożył pierwsze śluby zakonne, na okres trzech lat. W trakcie nauki nadal często chorował i za zgodą prowincjała mógł letnie wakacje spędzać w Pietrelcinie. W 1905 roku rozpoczął studia filozoficzne, a dwa lata później chciał złożyć profesję wieczystą. Dzięki zgodzie prowincjała, Pio złożył śluby 27 stycznia 1907 roku, w obecności gwardiana, ojca Raffaellego. W tym samym roku zdał egzaminy z filozofii i rozpoczął studia teologiczne. Cały czas towarzyszyły mu objawy chorobowe jak gorączka i bóle w klatce piersiowej, co mogło sugerować gruźlicę. 19 grudnia 1908 roku, w benewenckiej katedrze przyjął tonsurę, a dwa dni później – subdiakonat. Rok później, 18 lipca 1909 roku w Morcone został wyświęcony na diakona.