Pomimo swojej oligotroficzności jaskinia jest ekosystemem, którego fauna jest stosunkowo bogata. Według stanu z 2021 roku na terenie Križnej jamy wykazano obecność 60 gatunków troglobiontów, co czyni ją czwartą pod względem bioróżnorodności jaskinią krasową na świecie. Występują tu m.in. studniczki: i , równonogi: i , pająk , chrząszcz Leptodirus hochenwartii, nietoperze z rodziny podkowcowatych oraz sześć gatunków niewielkich ślimaków, w tym trzy endemiczne dla tej jaskini.
Križna jama stanowi jedyną w Słowenii jaskinię krasową zachowaną w stanie niemal naturalnym (bez zainstalowanego oświetlenia czy wytyczonych ścieżek), a jednocześnie udostępnioną do zwiedzania. Turyści przed wejściem do jaskini otrzymują zestaw kaloszy oraz latarkę. Liczba turystów oprowadzanych po Križnej jamie jest jednak mocno ograniczona, ze względu na ochronę jej ekosystemu. Przykładowo odcinek od pierwszego jeziora do bogatej w stalaktyty komory zwanej Kalwarią dziennie może pokonać jedna łódka z czterema osobami. Wstęp do jaskini jest płatny i możliwy wyłącznie z przewodnikiem.