Historia thumb|240px|„Port wenecki” () w 2006 roku Križna jama już w epoce miedzi była odwiedzana przez ludzi, czego dowodem są odnalezione w jaskini naczynia ceramiczne z ok. 2800 roku p.n.e. Z 1557 roku pochodzi najstarszy napis na jednej ze ścian jaskini świadczący o jej eksploracji. W 1832 roku jaskinia została odkryta dla nauki; sporządzono wówczas pierwszy szczegółowy jej opis (autorstwa J.J. Tobina), natomiast z 1838 roku pochodzi opis Križnej jamy ze szkicem autorstwa J. Cerara. W 1847 roku Aleksander Skofiz odkrył w jaskini pierwsze kości niedźwiedzia jaskiniowego (Ursus spelaeus). W wyniku rozpoczętych z inicjatywy Ferdinanda von Hochstettera w 1878 roku wykopalisk, w ciągu zaledwie czterech dni odkryto ponad 2000 szczątków, z których złożono dwa pełne szkielety przedstawicieli tego gatunku, które przekazano do Muzeum Historii Naturalnej w Wiedniu. Największa odnaleziona czaszka mierzyła 56 cm długości.