Na czas trasy koncertowej zastąpiła ją basistka Hole, Melissa Auf der Maur.
Ostatnim albumem okazała się Machina II/The Friends & Enemies of Modern Music, z początku mająca być wydana jako podwójna płyta na wzór Mellon Collie, ale wytwórnia Virgin nie zgodziła się na taki ruch wobec spadającej popularności zespołu. Wobec tego album został rozpowszechniony za darmo w Internecie w postaci plików MP3.
The Smashing Pumpkins rozpadli się pod koniec roku 2000, grając swój ostatni koncert 2 grudnia w Chicago.
Zwan
W roku 2001, Corgan założył zespół Zwan, w skład którego weszli poza nim Chamberlin oraz gitarzyści Matt Sweeney i David Pajo, a w roku 2002 także basistka Paz Lenchantin znana z A Perfect Circle. Powstały album, Mary Star of the Sea, spotkał się z dość przychylnymi recenzjami krytyków. Corgan i Zwan wzięli także udział w tworzeniu soundtracku do Spun, filmu Jonasa Åkerlunda. Mimo przychylnej opinii krytyki, zespół rozpadł się w połowie 2003 roku.