mały|Stacja kolei cmentarnej w Waterloo po niemieckim nalocie w 1941 roku
Pociągi pierwotnie kursowały siedem dni w tygodniu, lecz z biegiem lat spadał na nie popyt. W 1902 roku zawieszono regularne połączenia, a pociąg kursował tylko na zamówienie. W latach 30. XX wieku pociągi rzadko kursowały częściej niż dwa razy w tygodniu.
Linia London Necropolis Railway funkcjonowała do okresu II wojny światowej, gdy w nocy z 16 na 17 kwietnia 1941 roku w czasie jednego z ostatnich większych nalotów na Londyn na stację w Waterloo spadło wiele bomb zapalających i burzących zrzuconych przez niemiecki Luftwaffe. Ocalały budynki biurowe i perony, lecz zniszczeniu uległy warsztat, , wspólna poczekalnia i cały tabor składowany na bocznicy stacji. 11 maja 1941 roku Southern Railway oficjalnie ogłosiła zamknięcie stacji. Ostatni pociąg przed niemieckim nalotem przejechał trasę 11 kwietnia 1941 roku. Część stacji końcowej związane z koleją cmentarną zostały przekazane Southern Railway, a biurowiec został sprzedany w 1947 roku.
Po linii London Necropolis Railway pozostał m.in. budynek stacji przy Westminster Bridge Road jako Westminster Bridge House czy podtorza i perony na cmentarzu Brookwood.