W 1857 roku zgodnie z rozkazem ministra spraw wewnętrznych Imperium Rosyjskiego od dnia 31 grudnia, kościołowi nadano rangę filialnego, co spowodowało, iż pozostał bez opieki i pół wieku przebywał w zaniedbaniu, niemalże zamieniając się w ruinęФарны касцёл Праабражэння Гасподняга (Навагрудак) na stronie Radzima.org. Według inwentarza z 1867 r. budynek pokryty był gontem. Kościół posiadał ołtarz główny, dwa ołtarze boczne i dwie kaplice. Podłoga była ceglana, pod nią znajdowały się dwie duże piwnice. Okien było w sumie siedem, a w kaplicach dwa. Po lewej stronie ołtarza głównego znajdowała się zakrystia z jednym oknem.

W 1906 r. uzyskano pozwolenie na odbudowę fary, lecz odnowę zniszczonej świątyni rozpoczęto dopiero w 1921 r. dzięki rządowej subwencji. W dniu 1 listopada 1922 r. w uroczystość Wszystkich Świętych biskup miński Zygmunt Łoziński dokonał ponownego poświęcenia kościoła. Oficjalne odrodzenie parafii nastąpiło w 1929 roku, a świątynia trafiła pod opiekę sióstr nazaretanek.

1 sierpnia 1943 r. gestapo rozstrzelało 11 sióstr nazaretanek, których groby do 1991 r. znajdowały się w pobliżu kościoła.