15 sierpnia 2006 Essien doznał kontuzji nadgarstka. Mimo to, pięć dni później wystąpił w spotkaniu Premier League z Manchesterem City. 12 września w wygranym 2:0 meczu z Werderem Brema strzelił swoją pierwszą bramkę w Lidze Mistrzów dla Chelsea. W październiku znalazł się na liście 30 piłkarzy nominowanych do nagrody Piłkarza Roku FIFA, zaś miesiąc później do tytułu najlepszego afrykańskiego piłkarza 2006 według CAF, zajmując odpowiednio 22. i trzecie miejsce. W plebiscycie na Najlepszego Piłkarza Europy według France Football zajął 27. miejsce.
thumb|left|120px|Essien w sezonie 2006/2007 10 grudnia w zremisowanym 1:1 ligowym meczu z Arsenalem Essien zdobył bramkę z ponad 30 metrów, która później została wybrana najlepszym golem sezonu strzelonym przez Chelsea. W styczniu 2007 został wybrany najlepszym afrykańskim graczem roku 2006 według BBC. Pod koniec lutego Chelsea wygrała w finale Pucharu Ligi z Arsenalem, zaś Essien zagrał przez pełne 90 minut oraz otrzymał żółtą kartkę. 12 marca przedłużył swój kontrakt z zespołem do roku 2012. 16 marca doznał kontuzji kostki, która wykluczyła go z gry na trzy tygodnie. W maju Chelsea wygrała 1:0 po dogrywce w finale Pucharu Anglii z Manchesterem United, a Ghańczyk zagrał przez całe spotkanie.