Cztery dni później, 28 czerwca, do Wilna wkroczył 8 Pułk Ułanów Księstwa Warszawskiego dowodzony przez Dominika Radziwiłła, a kilka godzin później sam francuski cesarz, który przebywał w litewskiej stolicy do 16 lipca. Napoleon prawdopodobnie specjalnie powierzył wkroczenie do stolicy dawnego Wielkiego Księstwa Litewskiego, ponieważ był potomkiem pochodzącego z tego kraju rodu. Kilka dni wcześniej w mieście przebywał car Aleksander I, który po usłyszeniu wieści o przekroczeniu Niemna przez Francuzów wyjechał na wschód. 1 lipca została utworzona Komisja Rządu Tymczasowego Wielkiego Księstwa Litewskiego, która miała się zająć administracją terenów guberni wileńskiej, kowieńskiej, mińskiej, a także obwodu białostockiego oraz organizować pobór do armii napoleońskiej. Dwa tygodnie później dołączyła do Konfederacji Generalnej Królestwa Polskiego. Tego też dnia zorganizowano bal z okazji przyłączenia Wielkiego Księstwa Litewskiego do Księstwa Warszawskiego. Przez następne cztery miesiące, pomimo powtarzających się incydentów rabunkowych, sytuacja w mieście była opanowana.